A UGP – Unidade de Gerenciamento do Programa – tem a missão de garantir o cumprimento dos objetivos estratégicos do Programa Recuperação Socioambiental da Serra do Mar e Sistemas de Mosaicos da Mata Atlântica, coordenando ações e atuando em parceria com as equipes executoras do Estado com o Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID). Para tanto, faz o acompanhamento físico, técnico e financeiro dos diversos componentes.

Três secretarias de Estado participam do Programa: Planejamento e Desenvolvimento Regional, onde se subordinada a UGP; Habitação, responsável pela implementação das unidades habitacionais por meio da CDHU, e Meio Ambiente, com a tarefa de promover a recuperação das áreas degradadas e melhorias da gestão das unidades de conservação (UCs) por intermédio da Fundação Florestal, em parceria com a Polícia Militar Ambiental.